u pierwotniaków może mieć różny charakter; mogą one być organizmami samożywnymi (np. wiciowce roślinne, zaliczane od niedawna do pierwotniaków), samożywnymi lub cudzożywnymi zależnie od warunków środowiska (np. euglena) lub wyłącznie cudzożywnymi (np. wiciowce zwierzęce, orzęski, sarkodowe); cudzożywne odżywianie polega na wybiórczym transporcie poprzez błonę komórkową rozpuszczonych składników pokarmowych lub na endocytozie; u wielu pierwotniaków istnieje stałe miejsce pobierania pokarmu, cytostom; organellami trawienia są wodniczki pokarmowe, do których dołączają się pęcherzykowate struktury lizosomy, zawierające enzymy trawienne; nie strawione resztki są usuwane bądź w dowolnym miejscu błony komórkowej (np. u ameb), bądź w stałym, zw. cytopyge (u orzęsków); zbędne produkty przemiany materii, nadmiar wody